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学校1960年1月10日经安徽省卫生厅教字0064号文件批准成立,校址设在芜湖市中长街中医院内,初名为“芜湖市中医学校”,首批学员为本市名老中医之学徒共35人,半医半读,初定学制五年。
1960年7月8日更名为“安徽省芜湖中医专科学校”,校址迁至下二街13号,纳入我省中专招生计划,首届全日制班录取初中毕业生40人,中医士专业。
1962年6月2日,经省卫生厅0444号文件批准,学校定名为“安徽省芜湖中医学校”,正式纳入调整后的省中等卫生学校建制,由芜湖市卫生局主管,学制统一定为三年。
1963年5月7日,学校迁入芜湖市赭山公园东大门对面,校址邢家山7号,同年11月首届毕业生由国家统一分配工作。
1966年6月至1971年9月,因“文化大革命”动乱,学校被迫停止招生,其间,1969年1月学校下迁至广德县柏垫中学。
1972年学校恢复中药士专业招生,1973年恢复中医士专业招生,推荐入学。1977年恢复了三年制中医、中药专业招生,全省统一考试招生录取。
1984年机构改革,学校党支部改设为党总支;1996年11月,经市卫生局芜卫字(96)43号文件批复,学校党总支改设为党委。
1999年7月30日,经安徽省人民政府批准,学校更名为“安徽省中医药学校”。
2001年6月7日,经省政府皖政秘〔2001〕74号文件批准,学校升格为“皖南职业学院”,系专科层次的高等职业学校。
2002年3月21日,经教育部教发函〔2002〕59号文件批准,建立“安徽中医药高等专科学校”,撤销“安徽省中医药学校”建制,学校实行省市共建,以市为主的办学体制。
2002年10月,学校搬迁至城南高校园区,校址为荆山西路16号,原校区整体置换给安徽金鼎集团。
2004年6月22日,经芜湖市人民政府芜政秘〔2004〕100号文件批准,芜湖市中医院作为学校附属医院。
2006年12月25日,经芜湖市人民政府芜政秘〔2006〕152号批准,芜湖市中医医院成建制划归学校,作为学校的直属附属医院,业务上接收市卫生局的指导和监管。
2012年6月1日,经芜湖市人民政府芜政秘〔2012〕84号文件批准,芜湖市口腔医院(筹)成建制划归学校,作为学校的直属附属医院,即安徽中医药高等专科学校附属口腔医院。
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